Die Wurzeln von Franziskaner lassen sich bis 1363 zurückverfolgen. Erstmals in diesem Jahr wird der Brauer Seidel Vaterstetter als Besitzer der "Bräustatt bey den Franziskanern" in der Residenzstraße in München genannt. Der Name ist auf das Franziskaner-Kloster zurückzuführen, das schräg gegenüber liegt.
Im Braujahr 2002/2003 kann Franziskaner Weissbier seinen Absatz erneut steigern und überschreitet erstmals die magische Grenze von 1 Million Hektoliter. Trotz eines allgemein rückläufigen Biermarktes in Deutschland trägt Franziskaner Weissbier damit entscheidend zur positiven Entwicklung des Weissbier-Segments bei und festigt seine Position als weltweite Nr. 3 des Weissbiermarktes.